연구인력개발비 세액공제, 놓치고 있는 건 없나요?

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연구인력개발비 세액공제 혹은 R&D세액공제는 게임, 바이오, 기술 기반의 제조업 등 연구개발활동이 필수적인 스타트업 혹은 중소기업에게 너무나 소중한 세제혜택이다. 연구개발활동을 하고 있다면 다른 세액공제와 비교하여 상대적으로 적용도 용이하면서 공제율도 높고, 가장 중요한 점은 최저한세의 적용을 받지 않으므로 납부세액을 0까지도 줄일 수 있다는 점에서 너무나 중요한 세액공제이다. 많은 회사가 쉽고 당연하게 적용 받고 있는 세제혜택이지만 세부적으로 들어가면 놓치기 쉬운 부분이 많이 있다.

1.인건비
연구개발활동을 하고 있는 연구원의 인건비가 R&D 세액공제의 적용 대상이 된다. 가장 기본적인 비용이지만 몇 가지 염두에 둘 사항이 있다.

(1)전담요원
이 때 가장 주의할 점은 연구원이 연구개발활동을 ‘전담’ 해야 한다는 것이다. 만일 연구원이 연구개발활동 외에 다른 활동을 한 것이 밝혀질 경우에 해당 연구원의 인건비 전액이 세액공제 대상에서 배제되게 되는 큰 문제가 발생할 수 있다.

(2)4대보험 회사 부담분
단순하게 급여뿐만 아니라 4대보험의 회사 부담분 중 일부도 세액공제의 적용 대상이 된다. 회사가 부담한 4대보험 부담분 중 산재보험을 제외한 나머지 국민연금, 건강보험, 고용보험에 대한 부담분은 세액공제 적용 대상이다. 실무적으로는 각 연구원에 해당하는 부담분을 짧은 법인세 신고기간에 정확히 확인하는 것은 한계가 있어 미리 준비하거나, 법인세 신고기간 이후에 경정청구를 진행하는 방식이 보다 정확하고 문제 없이 세제혜택을 받는 방법이라고 판단된다.

(3)퇴직급여
퇴직금은 단순한 당해 비용이 아니라 누적된 근무기간에 대응하는 비용이므로 인건비에 포함되지 않는다. 다만, DC형 퇴직연금 불입액의 경우 2019년까지의 불입액은 인건비로 인정된다. 과거 논란이 되었으나 대법원 판결로 DC형 퇴직연금 불입액 역시 인건비에 포함되는 것으로 정리된 바 있다. 그러나 이후 법 개정으로 2020년부터의 퇴직연금 불입액은 R&D세액공제 대상 인건비에 포함되지 않는다.

2023년 3월 31일까지 2017년 법인세에 대한 경정청구가 가능하므로 현재 기준 2017~2019년 법인세에 대한 경정청구가 가능하다. 우리 회사가 2017~2019년에 R&D세액공제를 적용 받았는데 연구원들이 DC형 퇴직연금 가입자이며 법인세를 냈다면 경정청구의 가능성이 있으니 재검토해볼 가치가 있다.

2.위탁연구개발비
다른 법인에 연구개발활동을 위탁하였는데 위탁을 받은 법인, 즉 수탁법인이 기업부설연구소 등록이 되어 있는 등, R&D 세액공제 적용 요건을 만족한다면, 위탁법인에서 R&D세액공제를 적용 받을 수 있다. 여기서 주의할 점은 수탁법인의 연구개발활동은 연구개발활동이 아닌 매출, 영업활동으로 간주되므로 수탁법인 입장에서는 R&D세액공제가 불가능하다는 점이다. 또한, 기업부설연구소 등록 등 R&D세액공제 요건을 위탁법인이 아닌 수탁법인이 충족해야 한다는 점에도 주의할 필요가 있다.

3.신성장 R&D세액공제
미래 유망성 및 산업 경쟁력 등을 고려하여 지원할 필요성이 있다고 인정되는 일부 기술에 대해서는 신성장 원천기술 R&D 세액공제라고 하여 더 높은 공제율을 적용 받을 수 있다. 중소기업을 기준으로 최소 30%, 최대 40%의 엄청난 공제율 적용이 가능하다. 자율주행차, AI, IOT, 블록체인, 3D프린팅 등이 이에 해당하며 보다 구체적인 업종 확인은 아래에서 가능하다.

https://law.go.kr/법령별표서식/(조세특례제한법 시행령,20220818,별표7)

다만, 신성장 R&D세액공제를 적용 받기 위해서는 산자부에서 운영하고 있는 신성장 원천기술 심의위원회를 통하여 심의를 받는 것이 좋으며 세액공제 적용에도 더 많은 서식과 자료가 필요하니 적용 받기 이전에 반드시 자문을 받고 심의 준비를 하는 것이 좋다.

4.투자세액공제
엄밀하게는 연구인력개발비 세액공제에 해당하지 않지만, 연구개발활동을 위해 취득한 유형자산에 대해서는 투자세액공제 적용이 가능하다. 기본적으로 중소기업 기준 투자금액의 10%에 해당하는 금액에 대해 세액공제를 받을 수 있다.