직무발명보상금은 무조건 비과세인가요?

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연구원이라면 누구나 한 번쯤 들어봤을 법한 단어 “직무발명”. “직무발명”이란 임직원이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 법인의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 임직원의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 만약 회사가 임직원의 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 승계하는 경우, 임직원에게 정해진 기준에 따른 보상금을 지급하여야 하며, 이때 지급하는 보상금을 직무발명보상금이라 한다.

직무발명보상금은 최초 도입 당시 임직원의 연구 의욕 고취에 따른 발명의 창출을 도모하기 위해 전액 비과세되는 혜택이 부여된 바 있다. 다만, 법인의 대표가 직무발명에 참여하지 않았음에도 직무발명보상금을 지급받거나, 기여도에 비해 과다한 보상금을 지급받는 등 조세회피 수단으로 악용되면서 2016년 소득세법 개정을 통해 연 3백만원까지만 비과세가 적용되고 초과분은 근로소득으로 과세되는 것으로 조정되었다. 최근에는 다시 직무발명보상 지원 강화를 위해 연 5백만원까지 비과세 한도가 확대된 상황이다.

다음은 직무발명보상금 과세와 관련하여 실무적으로 많이 문의하는 내용들을 정리해보았다.

Q1. 2018년에 등록한 특허권에 대한 보상금을 2022년에 지급하는 경우, 비과세 한도는 얼마가 적용되나요?
A1. 직무발명보상금에 대해 비과세 한도가 생긴 2016. 12. 20. 소득세법 부칙에 따르면 2017년 이전에 지급한 직무발명보상금에 대해서는 종전의 규정에 따라 한도가 없으나, 2017년부터 지급하는 직무발명보상금에 대해서는 비과세 한도 3백만원이 적용됩니다. 또한 이후 비과세 한도가 5백만원으로 개정된 2019. 2. 12. 소득세법 시행령 부칙에 따르면, 2019년에 발생하는 소득분부터 적용하도록 되어있으므로, 지급시기를 기준으로 비과세한도는 5백만원이 적용될 것으로 보입니다.

Q2. 특허 출원 중인 직무발명에 대해 지급한 보상금도 비과세 적용이 되나요?
A2. 관련 예규(소득세과-866, 2012.11.29, 재소득46073-181, 2002.12.30)에 따르면, 특허 출원 중이거나 심사결과 특허 등록되지 않은 경우에 지급한 보상금은 비과세 대상이 아닌 것으로 판단됩니다.

Q3. 대표이사가 아이디어만 제공한 경우에도 직무발명보상금으로 인정받을 수 있나요?
A3. 대표이사에게 지급하는 직무발명보상금의 경우, 구체적인 연구활동과 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하였다고 인정할 만한 입증자료가 뒷받침되지 않는 경우 법인의 손금으로 인정받기 어렵고 비과세를 적용받은 부분도 상여로 처분될 수 있습니다.

Q4. 과거 시점에는 임직원이었는데 현재 퇴직을 하여 임직원이 아닌 분들은 비과세 적용이 불가능한가요?
A4. 소득세법 집행기준 12-17의 3-1에 따르면, 종업원등이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금의 경우에는 기타소득에 해당하며, 동일하게 5백만원까지 비과세 한도 적용이 가능합니다.