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1. 考えられる取得税とは
法人の株式を取得することにより過占株主となったときは、その過占株主が当該法人の不動産等を持分率分だけ直接取得するものとみなし、取得税納税義務が成立する（地方税法第7条第5項）。
つまり、不動産等の取得税課税対象を保有している会社の株式を50％超で取得する場合、当該株式取得を通じて株主総会で議決権を行使して会社経営を支配することができるので、株式取得がすぐに当該法人の不動産等を取得したのと同じ経済的効果があるとみなされ、取得税を納付しなければならないという意味である。
2. 見積取得税納税義務者
みなし取得税納税義務のある過占株主の定義は次のとおりである（地方税基本法第46条第2号）。
「株主とその特殊関係人の所有株式の合計が当該法人の発行株式総数又は出資総額の100分の50を超えながら、それに関する権利を実質的に行使する者」
ただし、法人設立時に発行する株式を取得することにより、過占株主となった場合には、取得とみなされないので、みなし取得税納税義務は発生しない。
また、過去の株主の間に株式が移転された場合、または既存の店舗株主と親族その他の特殊関係にあるが、当該法人の株主ではなかった者が既存の口座株主からその株式の一部を譲渡され、新たに口座株主に含まれたとしても、株主全体が保有する総株式又は持分の割合に変動がない限り、見積取得税の課税対象にならない。
3. 見直し取得税課税標準
過占株主とみなされ、取得税の計算の際、課税標準は、当該法人の取得税課税対象資産の会計上帳簿価額に、過占株主が取得した持分率を乗じた金額を原則とする。多数の予規判例によると、課税標準の基準となる会計上の帳簿価額は、借入利子資本化金額のように取得後に発生した資本的支出、再評価増加額などが反映されているか、会社が任意に減価償却を反映していない場合でも虚偽、欠落などで著しく不合理な場合でなければ、当該金額をほとんどそのまま認めている。これは、株主が株式を取得する際に法人の帳簿を通じて法人を評価するため、法人の帳簿に記載された資産の価額を取得するとみても無理がないという趣旨から始まるものとみられる。
ただし、最近の判例上、資産差減項目である土地の引当金は、みなし取得税課税標準に反映しない事例も存在する。これは、資産の摩耗、損失などによる減価償却累計額とは異なり、在庫資産評価引当金は、将来発生する可能性のある多数の仮定を混ぜてキャッシュフローを推定したもので、当初の仮定が変わるにつれてその金額が増加または減少する可能性がある。そのため、その性格上、在庫資産評価引当金が反映された会計上の帳簿価額がその不動産の客観的価値とみなす難しいという点を論拠に挙げている。
4. 結論
法人の株式を50％超で取得することにより、過占株主となる場合、当該法人が保有している取得税課税対象物を当該過占株主が取得したものとみなされ、とみなし取得税納税義務が発生するため、過占株主となると予想される場合、株式譲受代金に加えて、見積もり取得税という追加的な資金流出に備えなければならない。
ただし、不動産保有法人の場合、銀行貸付のために不動産価額を増やそうとする誘引があり、減価償却を認識しないか、又は再評価剰余金を認識する場合が多いが、課税官庁は資産を増やす方向の調整（減価償却未計上及び再評価剰余金）は、会計上の帳簿価額のままと見なされ、取得税の課税標準基準額です。認めるが、減少させる方向（在庫資産評価引当金）は容易に認めない傾向を示す。
これにより、見積取得税負担額を減らすためには、法人の株式を40％取得するとともに、転換時に11％の持分率確保可能な転換社債を買収し、満期時に転換する方式など、徐々に持分を取得することにより減価償却が会計上帳簿価額にできるだけ反映された状態で過占株主となる方案も考慮することができる。
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