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合併は、商法により2社以上の企業が1つにまとめられる法的手続きで、被合併法人の権利義務が合併法人に包括的に承継されます。このとき純資産を譲渡して消滅する被合併法人は譲渡損益に対する法人税問題が、純資産を取得する合併法人は合併買収損益に対する法人税問題が、救い主を返却して対価を受ける被合併法人の株主は議制配当に対する所得税または法人税などの
ただし、税法上の一定の要件を満たす適格合併の場合は、合併にもかかわらず経済的同一性が維持されるとみなされ、合併時点で課税繰延などの税制給付を受けて細部談を節約できます。
このような適格合併として認められるためには、合併前1年以上事業を営む内国法人間合併で、合併時80%以上の株式を交付して配分及び保有しなければならず、承継を受けた事業を継続営利し、80%以上の労働者を承継して雇用を維持しなければならないという要件などを満たさなければならない。ただし、例外的に親会社が子会社の持分を100%保有している完全子会社を合併する場合には、当該要件を満たさないとしても法人税法による適格合併と認められます。
したがって、完全子会社を合併する場合、合併時点で譲渡損益等の繰越課税特例を適用することができます。つまり、被合併法人の場合、合併法人から受け取った譲渡価額を被合併法人の純資産帳簿価額と同じとみなして譲渡損益がないものとみなし、これにより譲渡所得に対する法人税が課税されません。また、合併法人の立場でも被合併法人から承継された資産を帳簿価額で譲渡されたものとし、合併買収差損益は発生しません。
一方、完全子会社を合併する場合、一般的な適格合併の事後管理要件は要求されず、これは合併後に事業や雇用を維持し続けるなど、追加の条件が必要ないことを意味します。また、子会社の繰越欠損金や繰越税額控除などを親会社に承継し、今後控除を受けることができるという利点があります。
ただし、承継された欠損金や税額控除などを控除されるためには注意する点があります。合併法人が繰越欠損金等を控除されるためには、承継を受けた事業とその他の事業を区分してそれぞれ異なる会計で記録しなければなりません。つまり、被合併法人から承継を受けた繰越欠損金および繰越税額控除額は、残存期間に限り被合併法人から承継を受けた事業から発生した所得金額に限り控除が可能であるため、承継を受けた事業とその他の事業を区分管理しなければなりません。
ただし、例外的に同一事業をする法人間又は中小企業間合併する場合には区分経つまり、この場合、区分経理と安分計算の2つの方法を選択することができ、このとき実務上に区分経理が可能か、被合併法人に承継された事業で今後発生する予想所得金額がどれくらいか、事業用資産価額比率はどのくらいかなどを総合的に考慮して決定しなければなりません。
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